กองนโยบายระบบการเงินและสถาบันการเงิน มีหน้าที่รับผิดชอบดังนี้  
(๑) เสนอแนะและจัดทำนโยบาย แผน และมาตรการในด้านระบบการเงิน และระบบสถาบันการเงิน เพื่อให้สอดคล้องกับนโยบายการคลังและนโยบายเศรษฐกิจของรัฐบาล
(๒) เสนอแนะและจัดทำนโยบายการพัฒนาระบบการเงินและระบบสถาบันการเงิน
(๓) วางแผนและดำเนินการเกี่ยวกับความร่วมมือทางการเงินและการธนาคารระหว่างประเทศ
(๔) ติดตามและดูแลการดำเนินงานของสถาบันการเงิน โดยประสานงานกับธนาคารแห่งประเทศไทยและหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง
(๕) เสนอแนะและจัดทำนโยบายเกี่ยวกับการดำเนินงานของสถาบันการเงินเฉพาะกิจ ที่มีกฎหมายจัดตั้งขึ้นโดยเฉพาะ รวมทั้งติดตามและดูแลการดำเนินงานของสถาบันการเงินตามนโยบาย
(๖) จัดทำระบบฐานข้อมูลของสถาบันการเงินเฉพาะกิจ รวมทั้งสถาบันการเงิน เพื่อใช้เป็นข้อมูลประกอบการเสนอแนะนโยบายและมาตรการด้านการเงิน
(๗) บริหารจัดการเกี่ยวกับกองทุนพัฒนาระบบสถาบันการเงินเฉพาะกิจ
(๘) เสนอแนะและจัดทำนโยบายในการกำกับดูแลการให้บริการทางการเงิน และผลิตภัณฑ์ทางการเงินที่มีการนำเทคโนโลยีทางการเงินมาใช้ในการประกอบธุรกิจ
(๙) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ผู้อำนวยการมอบหมาย