สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง เป็นหน่วยงานในสังกัดกระทรวงการคลังโดยมีฐานะเทียบเท่ากรม จัดตั้งเมื่อวันที่ 18 ตุลาคม 2504 ตามพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 9) พ.ศ. 2504 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 78 ตอนที่ 85 วันที่ 17 ตุลาคม 2504 - ภาคผนวก 1) เนื่องจากดำริของนายสุนทร หงส์ลดารมภ์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังในสมัยนั้น ที่เห็นว่า จำเป็นต้องมีการนำวิทยาการแผนใหม่ เข้ามาใช้ในการบริหาร และการกำหนดนโยบายการคลัง ตลอดจนจนจะต้องมีองค์กร หรือจุดรวม ที่จะสามารถประสานกิจกรรม ที่เกี่ยวกับเศรษฐกิจ และการคลังของประเทศ จึงควรต้องมีการจัดตั้ง หน่วยงานที่เหมาะสม โดยการปรับปรุงสำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง และจุดมุ่งหมายที่สำคัญคือ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง จำเป็นต้องมีเจ้าหน้าที่ที่ให้คำแนะนำ และให้ความช่วยเหลือทางวิชาการในการวางนโยบายการคลัง และเศรษฐกิจของรัฐ ตลอดจนเรื่องอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง จึงก่อตั้งขึ้น โดยยุบกองเศรษฐกิจการคลัง และกองสถิติ ในสำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง มาอยู่ในหน่วยงาน ที่จัดตั้งใหม่นี้ และแต่งตั้ง ดร.ป๋วย อึ๊งภากรณ์ ผู้เชี่ยวชาญการคลัง สำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง ขณะนั้น เป็นผู้อำนวยการสำนักงานฯ คนแรก มาตรา 11 ของพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2496 ซึ่งถูกยกเลิกโดย มาตรา 3 ของพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 9) พ.ศ. 2504 และให้ใช้ความต่อไปนี้แทน

"มาตรา 11 หน้าที่ราชการในกระทรวงการคลัง แยกเป็น
(1) สำนักงานเลขานุการรัฐมนตรี
(2) สำนักงานปลัดกระทรวง
(3) สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง
(4) กรมธนารักษ์
(5) กรมบัญชีกลาง
(6) กรมศุลกากร
(7) กรมสรรพสามิต
(8) กรมสรรพากร
ให้สำนักงานเศรษฐกิจการคลังเป็นทบวงการเมืองมีฐานะเทียบกรม"

เมื่อได้จัดตั้งสำนักงานเศรษฐกิจการคลังขึ้นแล้ว สถานที่ทำการของสำนักงานเศรษฐกิจการคลังก็ยังคงอยู่ ณ ตึกหอรัษฎากรพิพัฒน์ ภายในพระบรมมหาราชวัง ถนนหน้าพระลาน ซึ่งเป็นสถานที่ทำการของกระทรวงการคลังในเวลานั้น แต่เนื่องจากสถานที่คับแคบมากกองนโยบายการคลังและภาษีอากร ซึ่งเป็นหน่วยงานหนึ่งของสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง จึงได้ย้ายไปอยู่ที่บริเวณตึกกองทหารรักษาการณ์ ซึ่งอยู่ตรงข้ามกับตึกกระทรวงการคลังอีกด้วย ต่อมาเมื่อกระทรวงการคลังได้ก่อสร้างที่ทำการแห่งใหม่ขึ้นเสร็จเรียบร้อยแล้ว ในปี 2530 (พฤษภาคม-มิถุนายน) สำนักงานเศรษฐกิจการคลังจึงได้ย้ายสถานที่ทำการมาอยู่ ณ ที่แห่งใหม่ ที่ซอยอารีย์สัมพันธ์ ถนนพระรามที่ 6 แขวงสามเสนใน เขตพญาไท (ริมคลองประปา) ภายในบริเวณกลุ่มอาคารกระทรวงการคลัง อาคาร 2 ส่วนห้องสมุดของสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง เนื่องจากได้ปฏิบัติหน้าที่ห้องสมุดของกระทรวงการคลังด้วย จึงได้มีสถานที่ทำการอยู่ ณ ชั้นที่ 5 ของตึกกระทรวงการคลัง อาคาร 1

ณ วันที่ 22 มิถุนายน 2530 สำนักงานเศรษฐกิจการคลังได้ประกอบพิธีเปิดที่ทำการแห่งใหม่สมัย ดร.อรัญ ธรรมโม ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง โดยได้เชิญรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลังในสมัยนั้น คือ ดร.สุธี สิงห์เสน่ห์ เป็นผู้มากระทำพิธีเปิด และได้ปฏิบัติหน้าที่ราชการอยู่ ณ ที่นี้มาจนถึงปัจจุบันนี้

การแบ่งส่วนราชการ
หลังจากพระราชบัญญัติ ปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม (ฉบับที่ 9) พ.ศ. 2504 ซึ่งจัดตั้งสำนักงานเศรษฐกิจการคลังขึ้น ได้มีผลบังคับใช้แล้วจึงได้ดำเนินการแบ่งส่วนราชการ ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง มาจนถึงขณะนี้ได้มีการจัดแบ่งส่วนราชการมาแล้วรวม 11 ครั้ง ดังนี้

ครั้งที่ 1
ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2505 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 79 ตอนที่ 57 วันที่ 22 มิถุนายน 2505-ภาคผนวก 2) ได้แบ่งส่วนราชการ สำนักงานเศรษฐกิจการคลังออกเป็น 4 กองดังนี้ 1. สำนักงานเลขานุการกรม แบ่งเป็น 2 แผนก คือ (1) แผนกสารบรรณ (2) แผนกห้องสมุด 2. กองเศรษฐกิจ 3. กองการคลัง 4. กองสถิติ แบ่งเป็น 3 แผนก คือ (1) แผนกสถิติการคลัง (2) แผนกสถิติดุลย์การชำระเงิน (3) แผนกสถิติเศรษฐกิจ

ครั้งที่ 2
ตามประกาศของคณะปฏิบัติฉบับที่ 260 ลงวันที่ 17 พฤศจิกายน 2515 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 89 ตอนที่ 177 วันที่ 23 พฤศจิกายน 2515-ภาคผนวก 3) ได้ยกเลิกพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2505 และได้ปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการในสำนักงานเศรษฐกิจการคลังเสียใหม่ ให้เหมาะสมกับสภาพของงาน โดยได้โอน "กองควบคุมธนาคารและการออมสิน" จากสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงการคลัง มารวมอยู่ในสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง และเปลี่ยนชื่อส่วนราชการบางส่วนให้เหมาะสม สรุปการเปลี่ยนแปลงการแบ่งส่วนราชการในครั้งนี้ เป็นดังนี้คือ 1. แผนกสารบรรณ ในสำนักงานเลขานุการกรม เปลี่ยนเป็น แผนกธุรการ 2. กองเศรษฐกิจ เปลี่ยนเป็น กองนโยบายภาษีอากร 3. กองการคลัง เปลี่ยนเป็น กองนโยบายการเงินการคลัง 4. กองสถิติ (เดิมมี 3 แผนก) เปลี่ยนเป็น ไม่มีแผนก 5. เพิ่ม "กองควบคุมธนาคารและธุรกิจการเงิน" ขึ้นอีก 1 กอง (กองควบคุมธนาคารและการออมสินจากสำนักงานปลัดกระทรวง กระทรวงการคลังแต่เดิม) การแบ่งส่วนราชการในครั้งที่ 2 จึงแบ่งออกเป็น 5 กอง ดังนี้ 1. สำนักงานเลขานุการกรม แบ่งเป็น 2 แผนก คือ (1) แผนกธุรการ (2) แผนกห้องสมุด 2. กองนโยบายการเงินการคลัง 3. กองนโยบายภาษีอากร 4. กองสถิติ 5. กองควบคุมธนาคารและธุรกิจการเงิน

ครั้งที่ 3
ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2519 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 93 ตอนที่ 160 วันที่ 31 ธันวาคม 2519-ภาคผนวก 4) ได้ยกเลิกการแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลังตามประกาศของคณะปฏิวัติ ฉบับที่ 260 ลงวันที่ 17 พฤศจิกายน 2515 โดยที่เห็นเป็นการสมควรจัดตั้ง "กองวางแผนการคลัง" เพิ่มขึ้นใหม่อีก 1 กอง ให้มีหน้าที่วิเคราะห์และวางแผนการคลัง ติดตามผลงานด้านสรรพากร ศุลกากร สรรพสามิต และรายได้อื่นของรัฐ ตลอดจนติดตามงานด้านนโยบาย และรายจ่างต่างๆ ของรัฐ และได้เปลี่ยนชื่อกองต่างๆ ที่มีอยู่เดิม เพื่อให้เหมาะสมกับสภาพงานในปัจจุบัน สรุปการเปลี่ยนแปลงการแบ่งส่วนราชการในครั้งนี้เป็นดังนี้คือ 1. สำนักงานเลขานุการกรม (เดิมมี 2 แผนก) เปลี่ยนเป็น ไม่มีแผนก 2. กองนโยบายการเงินการคลัง เปลี่ยนเป็น กองเงินกู้โครงการ 3. กองควบคุมธนาคารและธุรกิจการเงิน เปลี่ยนเป็น กองนโยบายการเงินและสถาบันการเงิน 4. ตั้งกองวางแผนการคลังขึ้นใหม่อีก 1 กอง การแบ่งส่วนราชการในครั้งที่ 3 จึงแบ่งออกเป็น 6 กอง และจัดลำดับใหม่ ดังนี้ 1. สำนักงานเลขานุการกรม 2. กองเงินกู้โครงการ 3. กองนโยบายการเงินและสถาบันการเงิน 4. กองนโยบายภาษีอากร 5. กองวางแผนการคลัง 6. กองสถิติ

ครั้งที่ 4
ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2523 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 97 ตอนที่ 186 วันที่ 3 ธันวาคม 2523-ภาคผนวก 5) ได้ยกเลิกการแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2519 โดยได้ปรับปรุงจัดหน่วยงานของสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ให้กระทัดรัดกว่าเดิม และรวมงานที่เกี่ยวข้องกันเข้าด้วยกัน เพื่อให้การปฏิบัติงานของสำนักงานดำเนินไปได้อย่างคล่องตัวยิ่งขึ้น คือ รวมกองนโยบายภาษีอากร กองวางแผนการคลัง และกองสถิติ เข้าด้วยกัน เป็นกองนโยบายการคลังและภาษีอากร และเปลี่ยนชื่อกองบางกองให้เหมาะสมสอดคล้องกัน สรุปการเปลี่ยนแปลงการแบ่งส่วนราชการในครั้งนี้เป็นดังนี้คือ 1. กองเงินกู้โครงการ เปลี่ยนเป็น กองนโยบายเงินกู้ 2. รวมกองนโยบายภาษีอากร กองวางแผนการคลัง และกองสถิติเข้าด้วยกัน เป็นกองนโยบายการคลังและภาษีอากร การแบ่งส่วนราชการในครั้งที่ 4 จึงแบ่งออกเป็น 4 กองดังนี้ 1. สำนักงานเลขานุการกรม 2. กองนโยบายการคลังและภาษีอากร 3. กองนโยบายการเงินและสถาบันการเงิน 4. กองนโยบายเงินกู้

ครั้งที่ 5
ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2531 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 105 ตอนที่ 187 วันที่ 15 พฤศจิกายน 2531-ภาคผนวก 6) โดยได้ยกเลิก พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2523 และได้จัดตั้งกองนโยบายตลาดทุน เป็นกองใหม่เพิ่มขึ้นอีก 1 กอง เพื่อให้ปฏิบัติงานในส่วนของการกำกับและพัฒนาตลาดทุน ตลาดหลักทรัพย์และธุรกิจหลักทรัพย์ ซึ่งเป็นงานที่มีความจำเป็นและสำคัญของสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง การแบ่งส่วนราชการในครั้งที่ 5 จึงแบ่งออกเป็น 5 กองดังนี้ 1. สำนักงานเลขานุการกรม 2. กองนโยบายการคลังและภาษีอากร 3. กองนโยบายการเงินและสถาบันการเงิน 4. กองนโยบายเงินกู้ 5. กองนโยบายตลาดทุน

ครั้งที่ 6
ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2536 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 110 ตอนที่ 125 วันที่ 2 กันยายน 2536) โดยยังคงแบ่งส่วนราชการภายในเป็น 5 กอง เหมือนครั้งที่ 5

ครั้งที่ 7
ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2536 (ราชกิจจานุเบกษา เล่ม 112 ตอนที่ 42 ก วันที่ 6 ตุลาคม 2538) ได้มีการปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการในสำนักงานเศรษฐกิจการคลังใหม่ให้เหมาะสมกับสภาพของงาน โดยแบ่งออกเป็น 8 กองดังนี้ (1) สำนักงานเลขานุการกรม (2) กองนโยบายการเงิน และสถาบันการเงิน (3) กองนโยบายการออม และการลงทุน (4) กองนโยบายเงินกู้ (5) กองนโยบายภาษี (6) กองนโยบายและวางแผนการคลัง (7) กองนโยบายเศรษฐกิจระหว่างประเทศ (8) ศูนย์ข้อมูลและประมวลผล ต่อมาได้มีการปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการภายในสำนักงานเศรษฐกิจการคลังใหม่ โดยกองนโยบายเงินกู้ได้แยกออกไปจัดตั้งเป็นสำนักบริหารหนี้สาธารณะ อยู่ในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง และสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ได้มีการปรับปรุง โดยแบ่งส่วนงานภายในออกเป็น 14 หน่วยงาน ดังนี้ (1) สำนักงานเลขานุการกรม (2) กองนโยบายการเงิน และสถาบันการเงิน (3) กองนโยบายภาษี (4) กองนโยบายการออม และการลงทุน (5) กองนโยบายเศรษฐกิจระหว่างประเทศ (6) กองนโยบายและวางแผนการคลัง (7) กองนโยบายการคลังท้องถิ่น (8) กองนโยบายป้องปรามและการเงินนอกระบบ (9) ศูนย์ข้อมูลและประมวลผล (10) สำนักกฎหมาย (11) สำนักงานกองทุนให้ความช่วยเหลือพัฒนาเศรษฐกิจแก่ประเทศเพื่อนบ้าน (12) สำนักงานที่ปรึกษาเศรษฐกิจและการคลังประจำต่างประเทศ (13) หน่วยดำเนินงานโครงการความช่วยเหลือจากสถาบันการเงินระหว่างประเทศ (14) สถาบันวิจัยนโยบายเศรษฐกิจ

ครั้งที่ 8
ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ. 2545 (ราชกิจจานุเบกษาเล่ม 119 ตอนที่ 103 ก (เล่มที่1) วันที่ 9 ตุลาคม 2545) ซึ่งอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 8ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2543 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติม โดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2543 ซึ่งมีการเปลี่ยนแปลงการแบ่งส่วนราชการดังนี้ (1) สำนักนโยบายการคลัง (2) สำนักนโยบายภาษี (3) สำนักนโยบายระบบการเงิน การออม และการลงทุน (4) สำนักนโยบายเศรษฐกิจมหภาคและระหว่างประเทศ (5) สำนักงานเลขานุการกรม (6) กลุ่มงานกฎหมาย (7) กลุ่มงานโครงการความช่วยเหลือทางวิชาการจากสถาบันการเงินระหว่างประเทศ (8) กลุ่มงานดำเนินการกองทุนให้ความช่วยเหลือพัฒนาเศรษฐกิจแก่ประเทศเพื่อนบ้าน (9) กลุ่มงานดุลยภาพการเงิน การออม และการลงทุน (10) กลุ่มงานที่ปรึกษาเศรษฐกิจและการคลังในต่างประเทศ (11) กลุ่มงานบริหารความเสี่ยงด้านการคลัง (12) กลุ่มงานส่งเสริมประสิทธิภาพ การเปลี่ยนแปลงการแบ่งส่วนราชการในครั้งนี้ได้เปลี่ยนจากระบบกองมาเป็นระบบสำนัก(ข้อ 1-4) และเพิ่มกลุ่มงาน7 กลุ่มงาน โดยขึ้นตรงกับผู้อำนวยการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง (ข้อ 8.6-8.12) และมีการโอนศูนย์ข้อมูลและประมวลผลไปยังสำนักงานปลัดกระทรวงการคลัง โอนงานกองนโยบายเงินกู้ไปผนวกกับงานที่เกี่ยวข้องกับการกู้เงินในประเทศของกรมบัญชีกลาง จัดตั้งเป็นสำนักงานบริหารหนิ้สาธารณะ และโอนงานที่เกี่ยวข้องกับการป้องปรามการเงินนอกระบบ จากฝ่ายนโยบายป้องปรามอาชญากรรมเศรษฐกิจการเงิน กองนโยบายการเงินและสถาบันการเงินไปสังกัดสำนักปลัดกระทรวงการคลัง

ครั้งที่ 9
ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง กระทรวงการคลัง พ.ศ.2551 ซึ่งได้ประกาศลงในราชกิจจานุเบกษาประเภท ก ฉบับกฎษฎีกา เล่มที่ 125 ตอนที่ 22 ก เมื่อวันที่ 25 มกราคม 2551 โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 8 ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2534 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2543 ได้มีการแบ่งส่วนราชการของ สศค. ดังนี้ (1) สำนักงานเลขานุการกรม (2) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ (3) สำนักกฎหมาย (4) สำนักนโยบายการคลัง (5) สำนักนโยบายการออมและการลงทุน (6) สำนักนโยบายภาษี (7) สำนักนโยบายระบบการคุ้มครองผลประโยชน์ทางการเงิน (8) สำนักนโยบายระบบการเงินและสถาบันการเงิน (9) สำนักนโยบายเศรษฐกิจมหภาค (10) สำนักนโยบายเศรษฐกิจระหว่างประเทศ (11) กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร (12) กลุ่มตรวจสอบภายใน (13) กลุ่มที่ปรึกษาเศรษฐกิจและการคลังในต่างประเทศ ต่อมา เมื่อวันที่ 4 กันยายน 2552 สศค. ได้ออกคำสั่ง สศค. ที่ 209/2552 จัดตั้งศูนย์บริหารงานวิจัยและบรรณสารสนเทศ (ศวบ.) ขึ้นเป็นการภายในอีกหน่วยงานหนึ่ง โดยได้เกลี่ยบุคลากรบางส่วนจากสำนักงานเลขานุการกรม สำนักนโยบายเศรษฐกิจมหภาค สำนักนโยบายการคลังและสำนักนโยบายเศรษฐกิจระหว่างประเทศ มาปฏิบัติราชการในหน่วยงานนี้

ครั้งที่ 10
ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง (ฉบับ 2) พ.ศ. 2555 ซึ่งได้ประกาศลงในราชกิจจานุเบกษาเล่ม 129 ตอนที่ 56 ก เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2555 โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 8 ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2543 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2543 ได้มีการแบ่งส่วนราชการของ สศค. ดังนี้ (1) สำนักงานเลขานุการกรม (2) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ (3) สำนักกฎหมาย (4) สำนักนโยบายการคลัง (5) สำนักนโยบายการออมและการลงทุน (6) สำนักนโยบายพัฒนาระบบการเงินภาคประชาชน (7) สำนักนโยบายภาษี (8) สำนักนโยบายระบบการคุ้มครองผลประโยชน์ทางการเงิน (9) สำนักนโยบายระบบการเงินและสถาบันการเงิน (10) สำนักนโยบายเศรษฐกิจมหภาค (11) สำนักนโยบายเศรษฐกิจระหว่างประเทศ (12) กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร (13) กลุ่มตรวจสอบภายใน (14) กลุ่มที่ปรึกษาเศรษฐกิจและการคลังในต่างประเทศ

ครั้งที่ 11
ตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง พ.ศ. 2565 ซึ่งได้ประกาศลงในราชกิจจานุเบกษาเล่ม 139 ตอนที่ 48 ก เมื่อวันที่ 11 สิงหาคม 2565 โดยอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 8 ฉ แห่งพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน พ.ศ. 2534 ซึ่งแก้ไขเพิ่มเติมโดยพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ 4) พ.ศ. 2543 ได้มีการแบ่งส่วนราชการของ สศค. ดังนี้ (1) สำนักงานเลขานุการกรม (2) กองกฎหมาย (3) กองนโยบายการคลัง (4) กองนโยบายการออมและการลงทุน (5) กองนโยบายพัฒนาระบบการเงินภาคประชาชน (6) กองนโยบายภาษี (7) กองนโยบายระบบการคุ้มครองผลประโยชน์ทางการเงิน (8) กองนโยบายระบบการเงินและสถาบันการเงิน (9) กองนโยบายเศรษฐกิจมหภาค (10) กองนโยบายเศรษฐกิจระหว่างประเทศ (11) ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ (12) กลุ่มตรวจสอบภายใน (13) กลุ่มที่ปรึกษาเศรษฐกิจและการคลังในต่างประเทศ (14) กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร